Sería difícil encontrar en la vida de Beethoven un contraste más acusado que la oposición entre su ánimo sombrío y desesperado durante el verano de 1802 en Heiligenstadt, donde termina la amable segunda sinfonía, obsesionado sin embargo en su interior por la tentación del suicidio, y el estío de 1803 en Oberdöbling, ocupado en la tercera, una obra mucho más dramática, que acomete con una heroicidad, a la que se ve forzado por su destino. En octubre de 1802, cuando se preparaba para regresar a Viena, escribe el famoso "testamento de Heiligenstadt": reconoce que su sordera es progresiva y permanente y, aunque ha rechazado ya la posibilidad del suicidio, afirma estar dispuesto a morir en cualquier momento. Sin embargo, Beethoven va a hacer de la necesidad virtud, emprendiendo una huida hacia delante que cambiará el rumbo de la historia de la música. El hedonismo auditivo, inherente al formalismo clásico, va a ser sustituido por una música ideológica y conmovedora, prefiguradora del romanticismo en su dirección hacia la interioridad. La perdida de audición externa quedará compensada con creces por el universo sonoro que construye en su imaginación. La crisis le conduce a la decisión de no escribir más para "el oído", sino para la inteligencia y el espíritu.
La tercera sinfonía supone la plena realización de su ideal sinfónico, llevando a esta forma instrumental al nivel de la ópera y el oratorio, duplicando su longitud, respecto a la hasta entonces habitual y, sobre todo, imprimiéndole la carga emocional y expresiva de estas formas vocales, mediante la introducción de connotaciones programáticas; en este caso, la descripción de la vida de un héroe (primer movimiento), su muerte (segundo), su despertar en otro mundo (tercero) y la aplicación de su espíritu a la pura actividad creativa (cuarto). El programa literario la separa del mundo del entretenimiento de la sinfonía clásica y abre el camino por el que va a discurrir la música instrumental durante el romanticismo. El ideal sinfónico nace con la tercera plenamente realizado, para prolongarse después a lo largo de la quinta, sexta, séptima y novena. Aunque marca el inicio de su segundo estilo de transición entre clasicismo y romanticismo, observamos en ella rasgos que caracterizarán las obras más tardías de su tercer estilo, en especial la utilización de la fuga y la variación, como una vuelta al racionalismo compositivo del estilo barroco, así como el aislamiento de detalles melódicos, armónicos o rítmicos que recompone extrayendo todas sus posibles implicaciones, en base a ideas que cargan de sentido humano la expresión musical.
El dedicatario original fue Napoleón Bonaparte. De hecho pueden observarse influencias de la música francesa postrevolucionaria, especialmente de los propulsivos "tuttis" orquestales y las marcadas marchas de las óperas de Cherubini y Méhul, que habían tenido un gran éxito en Viena. Pero la coronación de Bonaparte como emperador y sus planes de invadir media Europa, incluida Viena, decepcionaron al compositor, que rompió enfurecido la página del título, donde aparecía la dedicatoria. En su publicación en 1806 recibió la denominación de sinfonía heroica, "habiendo sido compuesta en memoria de un héroe". Aunque el mismo Beethoven es en realidad el auténtico héroe, se considera que "el gran hombre" pudo haber sido el príncipe Luis Fernando de Prusia, que de hecho había muerto heroicamente en 1806, íntimo amigo del dedicatario de la sinfonía, el príncipe Lobkowitz.
En el segundo movimiento (Marcia Funebre) de la Tercera Sinfonía la música se instala en la tristeza de do menor. Observamos el paso de un cortejo fúnebre: una amplia melodía de marcha "sotto voce" en el registro grave de los violines, apuntalada por los contrabajos, que semejan los pasos de los portadores del féretro. La melodía es recogida por el oboe con punzante dolor, mientras que el resto del viento marca el ritmo con puntuaciones del quinteto de cuerda. Un segundo tema de vocación ascendente en Mi bemol mayor aporta una sensación de consuelo, que no va a durar mucho, ante el regreso del primer tema, esta vez en fa menor. Pero una necesidad imperiosa de esperanza le priva de sus compases conclusivos, ante la irrupción del segundo tema en los oboes, de nuevo en la poderosa tonalidad de Mi bemol mayor. La posterior reaparición del primer tema, otra vez en fa menor, es mucho más desintegrada y espectral.
En este continuo juego de contrastes irrumpe una nueva sección en Do mayor, con un tema poderoso y afirmativo, aportando un consuelo que buscará el triunfo en un posterior fortísimo del "tutti". La posterior vuelta al tema inicial en do menor nos indica que estamos ante una forma de rondó. En esta segunda entrada del estribillo del rondó la tristeza del tema principal va a durar sólo el tiempo estrictamente necesario para exponer su frase, que concluye, mediante un ensamblaje, con el inicio de un nuevo episodio, donde el compositor se aplica a una solemne doble fuga en fa menor, exponiendo simultáneamente dos sujetos, que incluyen patéticos trinos, uno en los segundos violines y otro en los fagotes y violas, que comenzarán a ser imitados después de tres compases. La sacralidad de esta música fugada nos evoca la brillante ceremonia de las exequias del héroe. Pero vuelve la aflicción con la aparición fragmentaria y fantasmagórica del tema inicial en sol menor y un atormentado pasaje, de bajos tenebrosos, reiterativos metales y finalmente vagos y entrecortados tonos de las flautas y violines.
De nuevo reaparece el estribillo del rondó con su alternancia entre el dolor y la esperanza, personificados respectivamente por el primer y el segundo temas. La coda subsiguiente comienza en un clima lúdico con un motivo en La bemol mayor, que parece moverse como un péndulo, siendo sometido en la cuerda a un juego imitativo. La sensación afirmativa se prolonga con una variación del segundo tema en Do mayor, pero, tras una expectante prolongación del acorde de dominante, volveremos a la tristeza del tema principal en do menor, esta vez extremadamente abreviado y desmembrado por silencios.