La partita para violín nº 2 se desarrolla en cinco partes:

1. Allemande
2. Courante
3. Zarabanda
4. Giga
5. Chacona

De todas las secciones, destaca la chacona final, escrita en memoria de su esposa María Bárbara, muerta en 1720, de ahí que sea considerada, más que una chacona, una "tombeau" (lamento).

Esta chacona es una de las cimas del repertorio para violín, dado que cubre todos los aspectos de la técnica violinística conocidos en la época, siendo una de las piezas de más difícil interpretación compuestas para el instrumento.

Ha sido objeto de numerosas transcripciones, especialmente para piano (Ferruccio Busoni) y piano tocado sólo con la mano izquierda (Brahms), y también para guitarra (Andrés Segovia). Se han hecho también transcripciones para órgano y para orquesta completa (en una famosa grabación de 1930 debida a Leopold Stokowski), así como para fagot (Arthur Weisberg).

De esta pieza, llegó a decir Brahms:
La chacona BWV 1004 es en mi opinión una de las más maravillosas y misteriosas obras de la historia de la música. Adaptando la técnica a un pequeño instrumento, un hombre describe un completo mundo con los pensamientos más profundos y los sentimientos más poderosos. Si yo pudiese imaginarme a mí mismo escribiendo, o incluso concibiendo tal obra, estoy seguro de que la excitación extrema y la tensión emocional me volverían loco.

La chacona resulta ser una obra singular por su duración (quince minutos: más que todo el resto de la partita) y dificultad técnica, además de por los temas que la integran. Según ha demostrado Helga Thoene, en ella se suceden varios corales luteranos, ordenados según un programa preciso. Es de señalar que era muy frecuente que Bach incluyera enigmas en sus obras, así como mensajes cifrados, que con el transcurso del tiempo han sido descubiertos (véase, por ejemplo, el motivo B-A-C-H).

Así, la chacona, compuesta tras la muerte de su esposa, se inicia con la melodía del coral "Den Tod kann niemand zwingen" (La muerte no puede nadie conquistar), perfilada en el bajo de la composición. Le sigue un coral esencial de la liturgia protestante: "Christ lag in Todesbanden" (Cristo estaba atado a la muerte, pero a través de su muerte rompió esa atadura.), coral que finaliza con la palabra "Aleluia". También se incluye la coral "Vom Himmel hoch da komm ich her" (De las alturas del cielo, de allí vengo) para simbolizar la esperanza.