En el último año de su vida Mozart trabajó sobre una ópera seria –término que se refiere a las óperas barrocas sobre temas heroicos o mitológicos–, "La clemencia de Tito", cantada en italiano, y un "singspiel" en idioma alemán: "La flauta mágica". Ésta última fue concebida para el teatro popular de Emmanuel Schikaneder, destinada a un público que recibiría con agrado una ópera al estilo de un cuento de hadas con elementos de comedia y drama moralizante. Sin embargo, el contenido de "La flauta mágica" va más allá puesto que en ella se representa de manera crítica la realidad política y social de la época, empleando un lenguaje lleno de simbolismo masónico –cabe anotar que Mozart se había iniciado en la masonería en 1784–. La suntuosidad de la orquestación, dice Michel Parouty refiriéndose a la obertura de "La flauta mágica", da un valor único a esta página musical. Su estreno tuvo lugar en Viena, el 30 de septiembre de 1791, casi dos meses antes del fallecimiento del compositor.