No había bailarines más distintos que ellos. Rudolf Nureyev tenía 23 años y acababa de desertar de la Unión Soviética. Fonteyn tenía 40, era la prima ballerina del Royal Ballet y estaba en un momento en que muchas ya piensan en la retirada. Nureyev creció en un hogar muy pobre y con un padre que le prohibía bailar. Margot provenía de una familia de clase media que hubo de esforzarse para financiar sus estudios de ballet. Cuando le sugirieron que hiciera pareja con Nureyev, Fonteyn temió hacer el ridículo por la diferencia de edad. Pero comprendió que si no aceptaba terminaría viendo al ruso bailar con otra, y la idea le pareció insoportable.

Su primera obra juntos fue "Giselle": las entradas para todas las funciones se vendieron en un día y la ovación del estreno duró más que el espectáculo. Pero no era fácil trabajar juntos. Nureyev era famoso por su mal carácter. Se indignaba con Margot cuando los ensayos no salían como esperaba. Solía estar irritado por las peleas con su pareja, el bailarín Erik Bruhn. En esos momentos, Margot era su refugio y lo acompañaba: en 1967 fueron arrestados en una fiesta gay en San Francisco.

El coreógrafo del Royal Ballet, Frederick Ashton, creó en 1963 "Marguerite y Armand", especialmente para ellos, e insistió en que el ballet no debía ser interpretado por ninguna otra pareja, nunca. En la primera presentación, el público aplaudió tanto que debieron levantar el telón veintiuna veces. Fonteyn y Nureyev reinaron en el ballet durante más de una década, interpretando  una treintena de títulos juntos. "Son conscientes uno del otro. Cuando sus ojos se encuentran, parecen hablar", explicaba Alexander Bland en su libro "Fonteyn and Nureyev: the story of a partnership".

Sus últimas actuaciones en el Royal Ballet tuvieron lugar en 1976. Pocas semanas antes de cumplir 60, Fonteyn bailó por última vez con él.

Meredith Daneman, biógrafa de la bailarina, asegura que ella y Nureyev vivían juntos cuando el marido de Margot estaba lejos. Y siguieron hablando una vez a la semana por teléfono cuando ella se fue a vivir a Panamá. Cuando ella enfermó de cáncer, Nureyev pagó sus gastos médicos y la visitaba constantemente. Y al enterarse Margot de que Nureyev tenía sida, le insistió en que comenzara una carrera como director. Ella murió en 1991 y él, en 1993. Pero su historia conjunta no terminó allí. Hace algunos años, en "The Times" una ex bailarina del Royal Ballet aseguró que Fonteyn estuvo embarazada de Nureyev. Joan Thring, la asistente del ruso, explicó que no conocía tal hecho, pero sí la pasión del bailarín por su compañera, y afirmó: "Nureyev se habría casado con ella".