El origen del órgano es muy remoto, pues ya existía en la antigua civilización china. Lo conocieron los romanos y la Iglesia Católica lo adoptó como acompañamiento instrumental de los actos litúrgicos en el siglo VII. A lo largo de la historia, los órganos han sido clasificados en portátiles o fijos, en función de si están o no dispuestos para ser trasladados, y también como hidráulicos o neumáticos, según que el aire necesario para su funcionamiento se genere por la tensión o presión del agua (fría o caliente), o bien por fuelles (que es el sistema actualmente en uso).

La invención de los fuelles parece remontarse al siglo IV en Oriente, pues así aparece el instrumento en un bajorrelieve del obelisco de Teodosio en Estambul. Hasta el siglo XII se emplearon ambos sistemas de generación del aire, pero en el siglo XIII se abandonaron completamente los órganos hidráulicos. Desde entonces se generalizó en las iglesias el uso de este instrumento, que fue perfeccionándose poco a poco hasta llegar al siglo XVI.

Así, en el siglo XIV se simplificó el juego de los fuelles que antes exigía la fuerza de muchos hombres y se convirtió el teclado en cromático siendo antesdiatópico. En el XV se construyeron órganos fijos de mayores dimensiones, dejando los portátiles para iglesias menores, y también se añadieron los pedales. En el siglo XVI se aumentó el tamaño de los instrumentos, se les incluyó en un mueble de madera, tal como hoy los conocemos, y se intodujeron los teclados sobrepuestos.

En el siglo XIX el órgano se perfeccionó extraordinariamente, hasta el punto de llegar a alcanzar una extensión de diez octavas con la ayuda de cinco teclados. En las últimas décadas, la aplicación de la electricidad ha permitido simplificar los sistemas de palancas y dar mayor rapidez a todos los movimientos.