Las tres últimas sinfonías de Mozart (nº 39, 40 y 41, respectivamente K 543, 550 y 551) suponen la culminación del clasicismo formal vienés que Haydn había desarrollado y dejan la vía abierta para el posterior romanticismo de los compositores centroeuropeos. Pese a lo mucho que se ha escrito al respecto, no existe un “sentimiento romántico” en las últimas sinfonías de Mozart sino más bien de un halo trágico, vehemente y jubiloso que se desprende de la propia belleza intrínseca de la composición musical. Para Mozart, la música era, ante todo, música, por encima de pasiones, desgracias o fortunas, aunque en determinadas ocasiones los aspectos más conocidos de la complicada situación personal del compositor en sus últimos años puedan dar pie a pensar en un acento expresivo que a menudo se confunde con los principios creativos del Romanticismo. Por el contrario, Mozart es un milagro de equilibrio y perfección que la crítica exegética no puede explicar y que hace que su música sea universal y sobreviva a cualquier movimiento creativo de posteriores épocas.

Las Sinfonías 39, 40 y 41 fueron escritas en un tiempo récord de seis semanas y no se sabe si se ejecutaron en vida del autor. Son verdaderas obras maestras de una expresividad, un dramatismo y una densidad emotiva nunca alcanzados hasta entonces. Estas obras fueron escritas en uno de los períodos más oscuros de la vida del compositor: su situación económica y personal era ya muy precaria; su Don Giovanni, si bien había logrado un gran éxito en su estreno en Praga, no logra seducir a los vieneses; y, por si no fuera poco, su hija Teresa fallece tres días después de completar la Sinfonía nº 39.

La sinfonía está instrumentada para flauta, clarinetes, fagotes, trompas y trompetas, timbales y cuerda. Está estructurada en cuatro movimientos:
1. Adagio - Allegro
2. Andante con moto
3. Menuetto: Trío
4. Allegro

El primer movimiento empieza con una introducción majestuosa (Adagio) con unas fanfarrias a cargo de la sección de metales. A continuación viene un Allegro en forma sonata, con algunos contrastes muy marcados de intensidad, muy en el estilo galante que caracterizaba sus primeras sinfonías. La independencia de las secciones de cuerda y de viento, la gran interacción de las partes en general, y el hecho de que el segundo tema en aquellas sinfonías tempranas era, parafraseando a Alfred Einstein, "siempre completamente trivial" -que no es el caso de la n.º 39-, se combina con el segundo grupo que contiene unos cuantos temas, incluyendo un "tema que camina", especialmente adecuado. Estos son sólo algunos de los puntos que distinguen este movimiento de aquellas obras de juventud, con las que tiene más diferencias que similitudes.

El movimiento lento, en forma sonata abreviada, es decir, sin la sección del desarrollo, comienza en piano en la sección de cuerdas y se expande al resto de la orquesta. Caracteriza a este movimiento el material principal y las transiciones bastante agitadas y enérgicas. La comparación con la Quinta Sinfonía de Franz Schubert sugiere que ésta podría haber tenido a la sinfonía nº 39 de Mozart como referente.

El Menuetto es muy interesante. El trío es una danza folclórica austríaca denominada "landler" y presenta una intervención atípica de los clarinetes. El segundo clarinete toca arpegios en su registro grave.

El Finale también sigue la forma sonata. Como en el último Quinteto de cuerda en re, el tema principal es básicamente una escala ascendente y descendente. La sección del desarrollo es dramática. No hay coda, pero tanto la exposición, como el desarrollo en la parte final de la recapitulación, son repetitivos.